关于判定侵害商标权的司法管辖机构，我们需要采取以下步骤进行处理：
首先，要明确级别的管辖原则，这就意味着我们必须依照相关法律法规，例如《中华人民共和国民事诉讼法》以及《最高人民法院关于审理涉及驰名商标保护的民事纠纷案件应用法律若干问题的解释》等的规定，明确哪些法院有权对知识产权案件进行审判；
其次，我们需要确认地域的管辖权限，也就是对于具体的商标侵权案件，应当依据被告所在地或侵权行为实施地点的人民法院来行使管辖权。
《最高人民法院关于审理商标民事纠纷案件适用法律若干问题的解释》第六条
因侵犯注册商标专用权行为提起的民事诉讼，由商标法第十三条、第五十七条
所规定侵权行为的实施地、侵权商品的储藏地或者查封扣押地、被告住所地人民法院管辖。
前款规定的侵权商品的储藏地，是指大量或者经常性储存、隐匿侵权商品所在地；
查封扣押地，是指海关等行政机关依法查封、扣押侵权商品所在地。