回迁房与商品房进行隔离是否合法，需视具体情况而定。从规划角度看，若隔离符合城市规划要求，且通过合法审批程序，有明确的规划依据，则具备一定合法性基础。例如，规划中明确划分不同区域功能，回迁房与商品房所在区域划分合理，在建设实施时遵循规划进行隔离设置，这种情况下是符合规定的。但如果隔离是基于不合理因素，如基于歧视性或不公平目的而设置，或者违反相关规划、用地及建设法规等，那就是不合法的。比如未经许可擅自改变用地性质导致隔离，或者违反规划指标强行进行隔离建设等，均属违法违规行为。总之，回迁房和商品房隔离不能一概而论其合法性，要综合多方面因素评判。

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