农村自建房补办房产证，需遵循如下流程：首先，准备相关材料，包括建房批准文件、宅基地使用证、身份证明等。其次，前往当地不动产登记机构提出申请。填写不动产登记申请表，并提交准备好的材料。然后，登记机构受理申请后，会进行实地查看。核实房屋的实际状况，包括面积、层数、结构等是否与申请材料一致。接着，对申请材料及实地查看情况进行审核。若审核通过，将进入公告程序。在规定期限内对房屋产权情况进行公告，无异议或异议不成立的，予以登记发证。整个补办房产证的过程，严格依据现行有效的法律法规及相关政策规定执行。申请人务必确保提供材料真实、准确，积极配合登记机构的各项工作，以顺利完成农村自建房房产证的补办手续，保障自身合法权益。

以上是律师的法律建议，如有疑问，欢迎进一步咨询。