赌博公司被查处后，员工工资发放情况需视具体情形而定。首先，若赌博公司被认定为违法犯罪，其违法所得会依法予以追缴。在这种情况下，工资能否发放取决于公司违法所得的处理结果。如果违法所得足以支付员工工资，那么从理论上讲，在扣除相关违法成本及应追缴款项后，可能会有部分资金用于发放工资，但这并非必然。其次，若违法所得不足以支付工资，员工工资可能无法全额发放甚至无法发放。而且，参与赌博公司运营的员工，自身可能也存在一定过错，其行为可能违反治安管理处罚法甚至构成犯罪。对于参与赌博公司工作的员工，应认识到此类工作的违法性和高风险性。若自身权益受到侵害，可通过合法途径，如向劳动监察部门投诉或通过劳动仲裁等方式，在法律框架内维护自身权益。但需明确，合法权益的维护是基于自身行为不存在违法违规因素的前提下。

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