房屋登记于第三人名下时的确权问题，需综合多方面因素考量。首先，应审查房屋的实际出资情况。若有证据表明是一方或多方实际出资购买该房屋，这在确权判断中具有重要意义。其次，查看房屋的占有使用状况。长期由特定主体占有使用，且能合理说明缘由的，对确权有一定参考价值。再者，审查双方之间关于房屋归属的约定，如存在书面或口头协议，且内容合法有效，可作为确权依据。另外，交易过程中的相关凭证，如购房合同、付款凭证、过户手续办理记录等，也都有助于明晰房屋的真实归属。若对房屋登记在第三人名下的确权存在争议，当事人可通过民事诉讼等法律途径，向法院提交上述各类证据，由法院依据法律规定和事实情况进行全面审查判断，以最终确定房屋的真正权利人，保障各方合法权益。

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