征地补偿由多个部门协同管理。在市、县级人民政府层面，其负责本行政区域的征地补偿工作。具体由国土资源部门承担组织实施征地补偿安置方案的拟定、报批等工作。同时，财政部门负责征地补偿资金的筹集、管理与拨付，确保补偿资金专款专用、足额及时发放。人力资源和社会保障部门则负责被征地农民的社会保障相关工作，保障其长远生计。此外，农业农村部门在涉及农村集体土地征收及相关农业土地权益等方面也发挥着一定作用，比如对农村集体经济组织土地权益的维护和指导。还有审计部门会对征地补偿资金的使用情况进行审计监督，防止资金滥用等问题发生。这些部门各司其职、相互配合，共同保障征地补偿工作依法依规、公平公正地开展，切实维护被征地农民的合法权益。

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