厂房已投入使用，关于门窗能否申请留置权需视具体情况而定。留置权的成立需满足多个条件。首先，债权人需合法占有债务人的动产。若门窗是与厂房整体相关且不可分割的一部分，在正常情况下，债权人难以单独合法占有门窗这一动产，此时申请留置权可能存在障碍。其次，债权债务关系需基于同一法律关系产生。比如门窗的安装、维修等相关合同关系与厂房使用产生的其他债权债务关系是否具有关联性，若缺乏紧密关联，也不符合留置权的构成要件。再者，需债务已届清偿期且债务人未履行债务。只有在满足这些条件的基础上，才有可能成功申请留置权。总之，仅厂房已使用这一情况，并不能直接判定门窗能否申请留置权，要综合考量上述诸多因素，依据具体事实和法律规定来确定是否具备申请留置权的资格。

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