非法侵占农民工工资的处理方式如下：首先，农民工可与用人单位进行协商，要求其支付工资。若协商不成，可向劳动监察部门投诉。劳动监察部门有权责令用人单位限期支付工资，逾期不支付的，责令用人单位按应付金额百分之五十以上百分之一百以下的标准向农民工加付赔偿金。其次，农民工也可向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。通过仲裁程序，确定工资数额及支付方式等。对仲裁裁决不服的，还可在规定期限内向人民法院提起诉讼。再者，如果用人单位的行为涉嫌拒不支付劳动报酬罪，劳动行政部门会将案件移送公安机关。公安机关会依法进行侦查，追究相关责任人的刑事责任。一旦罪名成立，犯罪嫌疑人将面临相应刑罚，且需承担支付农民工工资及赔偿金的法律责任。总之，要通过多种合法途径，切实保障农民工被非法侵占的工资得以追回，维护其合法权益。

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